忽必烈於南宋理宗景定元年（日本龜山天皇文應元年，一二六○年）在上都（察爾之多倫縣）即位，是為元世祖。及至世祖至元八年（一二七一年），始改國號曰元。
元世祖征服高麗後，欲達到其統一東亞之理想，在西紀一二七○至一二九○年之間約二十年。（即日本龜山天皇文水七年──伏見天皇正應三年），在此二十年間，元世祖乃以高麗為嚮導，曾兩次東徵日本，即日本史中所謂文水、弘安兩役之時期。因此元日國際關係嘗極度惡化。旋因世祖兩次東征日本，均歸失敗，不得不採用寬大懷柔政策，對付日本，並優遇其商舶。誠如王輯五氏云：「試觀世祖之置宣慰使於揚州、準東，詔論沿海官司，命與日本通商，不難窺其一班矣」（註一）。同時，日本商人持黃金交易銅錢，貪圖貿易利益計，常不畏艱難赴元經商。因此，元日兩國間雖無正式邦交，但兩國商舶，僧侶，卻往來不絕，且全為日本商舶，而非元舶，這與前代恰恰相反。
當時赴元之日本商船，表面以貿易為目的，但往往有似海盜式之商船，遇機即大行掠奪而變為倭宼，而日本政府卻任其所為，毫不加管制。其中以天龍寺船最為顯著，當詳述於次。而赴元之日本商船，所載不僅為商人，亦有日本僧侶隨船來往，茲將日本入元商船往來簡介於次：
元日商舶往來一覽表
| 至元十四年 一二七七（建治三年） | 日本商人持黃金赴元，請許易銅錢（元史日本傳）。 |
| 至元十六年 一二七九（弘安二年） | 元於先年詔諭沿海官司，准許日本商船通往，是年日本商船四艘至慶元，許交易而歸。（元史世祖本紀） |
| 至元二十九年 一二九二（正應五年） | 是歲，日本商船四艘赴元，因暴風三舶難破，僅一艘至慶元交易（元世祖本紀），是歲十月，日本商舶至慶元，因求互市，舶中具甲仗，元人恐其有異圖，詔防海盜。（元世祖本紀） |
| 元貞四年 一二九六（永仁四年） | 是歲僧可庵圓慧入元，殆為日本商船到元。（本朝高僧傳） |
| 大德二年 一二九八（永仁六年） | 是歲，日本商舶至慶元，元成宗遣一山一寧持國書附此舶東渡，翌年至日本。（妙慈弘濟大師行記） |
| 大德九年 一三○五（嘉元二年） | 是年，日本商舶赴慶元，僧龍山德見，乘此舶入元，時元因日本未服屬，故不許交易，特高抽稅率。（真源大照禪師龍山和尚行狀） |
| 大德十年 一三○六（德治元年） | 是歲，四月日本商人有慶到慶元貿易，獻金鎧甲（元史成宗本紀），是歲遠溪祖雄入之。（遠溪祖雄禪師之行實） |
| 大德十一年 一三○七（德治二年） | 是歲，日本商人與慶元官吏衝突，焚掠城內，官衙寺院罹兵火者甚多。是年，僧雪村友梅乘商舶入元。（雪村友梅行道記） |
| 至大元年 一三○八（延慶元年） | 是歲僧可庵圓慧歸國，元僧東里弘會東渡。（本朝高傳） |
| 至大二年 一三○九（延慶二年） | 是歲春，僧嵩山居中入元，又元僧東明惠日東渡。（本朝高傳東明和尚塔銘） |
| 至大三年 一三一○（延慶三年） | 是歲僧復庵宗己，無隱元晦入元。（本朝高僧傳） |
| 至元四年 一三一一（應長元年） | 是歲春，僧孤峯覺明入元。（孤峰和尚行實） |
| 延祐三年 一三一六（正和五年） | 是歲，僧遠溪祖雄歸國。（遠溪祖雄禪師之行實） |
| 延祐五年 一三一八（文保二年） | 是歲，僧嵩山居中，（第二次入元）石室善玖，古先印元，業海本淨，明叟齊哲等入元。（本朝高僧傳，延寶傳燈錄，古先和尚行狀） |
| 延祐六年 一三一九（應元元年） | 是歲元僧靈山道隆東渡。（本朝高僧傳） |
| 延祐七年 一三二○（元應二年） | 是歲，僧寂室元光、可翁宗然、鈍庵俊、物外可什、別源圓肯等入元。（本朝高僧傳，延寶傳燈錄） |
| 至治元年 一三二一（元亨元年） | 是歲秋，僧無涯仁浩入元。（無涯錄） |
| 至治二年 一三二二（元亨二年） | 是歲春，僧月林道皎入元。（月林皎禪師行狀） |
| 至治三年 一三二三（元亨三年） | 是歲僧嵩山居中歸國。（本朝高僧傳） |
| 泰定二年 一三二五（正中二年） | 是歲秋九月，僧中嚴圓月入元，是歲為籌建長寺營造費派遣建長寺船入元。（中村文書） |
| 泰定三年 一三二六（嘉曆元年） | 是歲七月僧瑞興等四十人赴元（世祖本紀），是歲僧不聞契聞入元。是歲元僧清拙正澄隨弟子永錤，與入元僧無隱元晦，古先印元，明叟齊哲等東渡，六月出發，八月抵達博多。並有歸國之石室善玖，寂室元光同船。（本朝高僧傳） |
| 泰定四年 一三二七（嘉曆二年） | 是歲僧古源邵元乘商船到慶元。（古源和尚傳） |
| 天曆元年 一三二八（嘉曆三） | 是歲，僧友山士偲，正堂顯入元。（友山和尚語錄） |
| 天曆二年 一三二九（元德元年） | 是歲，文侍者為迎元僧明極楚俊入元，楚俊、竺僊梵仙、懶牛融及入元僧物外可什，雪村友梅，天岸慧廣等同船五月發福州，六月東來。是歲僧本禮豐後奉大友氏命迎接入元僧龍山德見而入元。（龍山和尚行狀） |
| 至順元年 一三三○（元德二年） | 是歲春，入元僧月林道皎歸國，是歲入元僧別源圓止歸來。 |
| 至順三年 一三三二（元弘二年） | 是歲初夏入元僧中嚴圓月，一峰通玄歸國。是頃為籌建攝津住吉神社造營費，遣商舶赴元。（攝津住吉神社大書） |
| 元統元年 一三三三（元弘三年） | 是歲南山士雲弟子祖庭芳，當時住元大都大覺寺之東洲至道為迎其入元。（聖一國師年譜）是歲入元僧不聞契聞歸國。（不聞和尚行狀） |
| 元統二年 一三三四（建武元年） | 是歲，僧空叟智玄入元。（名剎由緒書） |
| 至元五年 一三三九（延元四年） | 是歲僧無文元選，元通等赴元，溫州上陸，是歲入元僧大朴玄素，空叟智玄歸國。（本朝高僧傳） |
| 至正元年 一三四一（興國二年） | 是歲秋，僧愚中周及赴元，慶元上陸。（大通禪師語錄） |
| 至正二年 一三四二（興國三年） | 是歲秋遣天龍寺船一艘赴元。是歲秋泉侍者二十五人入元（梵仙語錄），是歲，十月僧性海靈見赴元，慶元上陸。（性海和尚行實） |
| 至正三年 一三四三（興國四年） | 是歲秋七月，河津氏為請元畫工描繪虎關師鍊肖相，遣使入元。（海藏和尚紀年錄） |
| 至正四年 一三四四（興國五年） | 是歲秋，僧大拙祖能入元，達福州長樂縣。（大拙和尚年譜） |
| 至正五年 一三四五（興國六年） | 是歲五月入元僧友山士偲，此山妙在等歸國。（友山和尚語錄） |
| 至正六年 一三四六（正平元年） | 是歲僧善慧，受復庵宗己，明叟龍哲之命，持贈天目山法雲塔院書幣入元。（開山大光禪師語錄） |
| 至正七年 一三四七（正平二年） | 是歲入元僧古源邵元歸國。（古源和尚語錄） |
| 至正八年 一三四八（正平三年） | 是歲春僧無我省吾入元。（本朝高僧傳） |
| 至正十年 一三五○（正平五年） | 是歲三月入元僧龍山德見，無夢一清等十八人乘元商船歸國。是歲入元僧無文元選，義南、碧嚴燦等同船歸國。是年僧棒庭海壽入元。（本朝高僧傳） |
| 至正十一年 一三五一（正平六年） | 是年入元僧愚中周及，三月發慶元，初夏歸博多，是年五月入元僧性海靈見歸國。是年元僧東僧永璵東渡。（延寶傳燈錄） |
| 至正十七年 一三五七（正平十二年） | 是年秋，入元僧無我省吾歸國。（本朝高僧傳） |
| 至正十八年 一三五八（正平十三年） | 是年入元僧大拙祖能歸國。（大拙和尚年譜） |
| 至正二十三年 一三六三（正平十八年） | 是年，僧無我省吾再度入元。（本朝高僧傳） |
| 至正二十四年 一三六四（正平十九年） | 是年，僧觀中中諦入元。（本朝高僧傳） |
以上所錄入元日本商船，就中多為日本商船。唯至正十年（日本正平五年，西紀一三五○年）三月入元僧龍山德見等十八人是乘元舶歸國的（註二），可謂是例外。當時因元日關係險惡，鎌倉幕府為嚴防海禁，並非反對日人赴海外，意在防預弘安役後俘虜逃亡（註三），乃命大友貞親搜索來往船舶，並制止異國人渡來，此為一時之警戒。當時勇敢而富有冒險的商人，紛紛赴元經營貿易。而元朝對於日本商人意外的寬大，請以黃金交易銅錢，設置淮東、揚州宣慰使，詔諭沿海官司，准許日本商舶通行（註四）。並遣普陀一山一寧持國書，乘日本商舶東渡（註五）。大德九年（日本嘉元三年，一三○九）對龍山德見入元船舶，因日本未歸屬，不許交易。特高抽分直（註六），實屬例外。而元朝對敵國商舶竟能如此寬大，乃由文水、弘安兩役失敗，故欲征服遠隔海洋之日本不易，只有採用和平手段，使其歸服。
在中日交通史上，如遣隋使、遣唐使、遣明使、都為公開的事，故其組織及規模之大，所未曾有。但在遣唐使凡二百六十年間，僅有十六次差遣，平均十五年間為一次。遣明使在足利義滿時代可謂極為頻繁，但義滿時與明締結宣德條約，規定十年一貢，因此，百十五年間，亦不過十一次之差遣。要與元代比較，日本赴元商舶，僅興國三年（一三四二）如差遣天龍寺船，除特殊者外，其餘都屬私行往來。其往來頻繁，殆為年年均有。至元末凡六、七年間，為日本商舶赴元最盛時期。即以入元僧而論，據僧傳及眾所知名者，赴元日僧，約達二百二十餘人。不知姓名者，尚不知其多少。此等入元僧，三三五五都分乘日本商船前來，可想而知，當時赴元商舶為多少？元德元年（天曆二年，一三二九），入元迎接元僧明極楚俊之文侍者，至杭州徑山，懇請元僧竺僊梵仙東渡，當時梵仙東渡與否，正當猶豫不決之際，文
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侍者遂勸道：
此船一去，明年即使又來，但隨意耳，昔兀庵亦回，西澗回復往（註七）。
這些話雖屬簡單，足證當時日本商舶赴元不絕之情勢，可以想見。
前節所述，日本入元的商船陸續不絕，且多屬商人私有的船隻，亦有在幕府保護之下半官營商船，就中以天龍寺船最盛行。天龍寺船創始於足利尊氏及直義兄弟，尊氏為悼後醍醐天皇崩後，思欲慰其怨靈。擬於京都嵯峨創建天龍寺，因缺乏資金，乃藉通商貿易籌集之。於是天龍寺船之派遣，遂因此產生焉。關於天龍寺船派遣的目的，古來傳說不一，有說為募緣派遣赴元，或說僅為通商貿易，或說為恢復中日國交，究竟目的何在，不得而知。三浦周行博士檢索諸多記錄及古文所撰之「關於天龍寺船新研究」（註一）發表後，不獨闡明天龍寺船性質，並說天龍寺船顯與當時商船為同一性質。
至於天龍寺建立史料雖不少，然其最正碓資料，則為該寺開山夢窗疎石法嗣春屋妙葩輯錄自記天龍寺造營記錄。該書對天龍寺船派遣如次記：
「宋船往來事，有其沙汰，元弘以後中絕，經十個年被興行之條，時節可為何條哉否，度度有評定，群議不一揆，諸人謳歌區也，剩御文談之次，被訪明經明法兩道人人畢，其又太略異議也，有範朝臣獨不可有子細候由被申之，尊卑之說，其以不同也，判斷之所存不一次，然而國師不可苦候由，被執申之，任智者遠慮可被免許之由，治定了」。
宋船二艘事，為當寺造營要腳，所被免許也，早致用意，明年秋可被渡由，可被仰綱司候，恐惶謹言。
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曆應四
十二月廿三日 直義左判
（疎石）
天龍寺方丈
就彼狀先被渡一船，仍被舉綱司至本，則被成御教書，造天龍寺宋船一艘事，任本寺之吹舉，為綱司可被致沙汰之狀如件，
（義）
同廿五日 直──
至本御房
請文云
造天龍寺宋船一艘事，為綱司可渡宋候由，申請候上者，不謂商賈之好惡，歸朝之時現錢五千貫，文可令進納寺家候，仍請文如件，
同日 至本
在此應注意者：則為「元弘以後中絕，經十個年被興行之條云云。」意思說元弘以來商船中絕，為恢復中日兩國國交，乃派遣天龍寺船。如此解釋並不十分確當。元弘二年（一三三二）入元僧中岩圓月，一峯通玄歸國，同三年祖庭芳入元，不聞契聞歸國，建載元年（一三三四）空叟智玄入元，延元四年（
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一三三九），無文元選、元通等入元，大朴玄素、空叟智玄等歸國，如斯商船往來頻繁，並未中絕。要說元弘中絕，派遣天龍寺船，不如說為某種特殊任務，派遣天龍寺船。所謂特殊任務，就是營建天龍寺時為籌募資金，並得足利直義贊同、派遺宋船（遺元船）通商貿易。不論交易捐益如何，歸國後，須進納現金五千貫文以為修寺之資。這種為籌款而派遣之商船，則與一三二五年，為籌建長寺營造費而派遣建長寺船，及一三三二年為籌建攝津住吉神社資金派遣住吉神社船，俱含有宗教慈善性質的商船也。天龍寺船赴元經營貿易，無異於普通商船。日僧赴元多乘天龍寺船，例如一三四二年，興國三年，是歲秋泉侍者等二十五人乘天龍寺船，參照竺僊和尚語錄。續本朝通鑑云：此後每年為例，世稱之曰「天龍寺船」。此不過僅叙及幕府允許每年繼續派遣之事，而實際上天龍寺船之赴元者，並未如斯頻繁也（註二）。
元代對日貿易港口，元初倣宋制（註三），至元十四年（一二七七）以泉州、廣州、慶元（宋代明州）三港為發達，尤以慶元為最。上海、澉浦鎮（位錢塘江口）置市舶司，次於溫州、杭州設市舶司。此等七港，至元三十年（一二九三）四月制定市舶司、抽分雜禁二十條，並整理此等貿易港，溫州市舶司併於慶元市舶市，杭州市舶司歸入杭州稅務。至大德元年（一二九七），廢泉州，翌二年，上海、澉江併歸慶元。此後泉州市舶司，幾度廢置，至治元年（一三二二）慶元、泉州、廣州三市舶司為提舉司，以及元末。斯為元朝貿易港變革之經過，慶元自宋為對日貿易港，且為三港中最近於日本者，日本商船之赴元，殆皆入是港。至元十六年（一二七九年），日本商舶四艘抵慶元貿易，獻金鎧甲，即其明證。天曆二年（一三二九）為迎接明極楚俊入元之文侍者，舶著福州（註四）；至正四年（一三四四），秋與
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大拙祖能同入元之同志數十人入元舶（註五），達福州路長路縣，此二者實屬例外。至於日本對元貿易港，則與前代同，限九州島筑前之博多一港，於是入元僧侶，均於筑前下博多，等候便船橫渡東海，至元之慶元登岸。日本商船赴元者，多利用十月以後之東北季節風。歸航時，多利用四月以後之西南季節風，故航海日數較短於前，平均約在十日左右也。一三二六年東渡之元僧清拙正澄等船（註六），經遣唐使時代之北路，高麗、耽羅（濟州島），費二月餘日，始達博多。此由未得風向之航路，實為極稀少之事也。
自慶元歸航至博多，五、六月間為最多。例如元僧清拙正澄於一三二六年同明極楚俊，於天曆二年（一三二九）五月自元地出發，從四月末至九月初利用中國流行西南季節風而來，是一實例。
日本商船赴元經營貿易，概依一二九三年，元朝所制訂市舶抽分雜禁二十一條之規定（註一），否則不許與貿易。凡外國商船欲赴元貿易，必先在元之貿易港市舶所申請，領取公驗公憑。預請本國官署在公驗之空紙內，填寫姓名，貨物件數，觔重等。元之市舶所據此照數點檢而後抽分，限定四個月內，發售完畢。凡外國商舶入元港時，馬上向市舶司具申綱首、直庫、雜事、植工、碇手等名。携有兵器，市舶司收存倉庫，回航時發還。又元人為防止秘密貿易起見，凡外舶未領驗憑者，禁止擅行開船，違者處杖百七，沒收其貨物，其三分之一與告密捕人。若因風水遺失驗憑時，經市舶司查明屬實後，得申請總府衙門，再行發給。如妄稱遭受風難入港秘密經營貿易者，則市舶司令其回至起帆之港，由其市舶司究斷。又因遭受風水灘礁，為求薪水供至海岸亭泊時，禁止船人上陸密售細貴舶貨，違者處杖百七，沒收官貨，三分；之一給賞告捕人。凡外舶碇泊貿易港，商人等以市舶司小船推送薪水食料時，於舶中秘密買賣細貨物，未繳抽分，處杖百七，沒收官貨，三分之一給賞告捕人。
日本商舶赴元，概在以上規定下允許貿易，對於舶貨抽分，那是不消說。一三○五年，日本商舶到慶元時（註二），元人因日本未歸服，不悅其互市，頓提高抽分率。元之抽分，乃世祖忽必烈初定江南時，依照宋代制度所定抽分率數，即細貨為十分之一，粗貨為十五分之一。泉州等市舶司除抽分貨物外，並徵收舶稅三十分之一。其後抽分率數（註三）雖不少昇降，但尚無宋代購買其貨物之事也。
當時輸入日本貨品，則以銅錢、香藥、經卷、經籍為大宗。文房用具、唐畫、什器及金襴、金紗、唐錦、唐綾、毛氈等織物類為次之。就銅錢輸入論，元史日本傳云：
十四年（至元）日本遣商人持金來易銅錢。
當時元朝深憂銅錢大量流出海外，至元二十三年（一二八六年），外國貿易，禁用銅錢（註四），因影響日本錢貨的鑄造很大。日本香藥，自上代，即仰自中國供給，這時亦如前代。
佛教經典，當時亦成為貿易對象，當時日本計畫開版大藏經，貞和元年（日本興國六年，一三四五），兵部丞源定規，（註五）依一切經開版，並有臨時任官。觀應二年（日本正平六年，一三五一）足利直義有僧解一經管一切經印板。（註六）文和二年（日本正平八年，一三五三）（註七），依足利基氏宿願開版大般若經一部六百卷，但尚未全藏開版。當時京都，鎌倉所建立禪寺，經卷輸入亦復不少。藏經舍利記謂：鎌倉淨妙寺；之太平妙準（高峯顯日之法嗣）（註八），一三二六年令其徒安禪人入元，持黃金百鎰，購得福州版大藏經，由商舶輸入，大通禪師語錄年譜，記天龍寺船派遣云：
遣商船求藏經於中國
於此應知，非遣天龍寺船求取藏經，乃委託赴元之商船輸入藏經。足利尊氏寄進近江之三井寺宋版一切經，弘元鎌倉幕府從元取寄（註九）。
當時日本五山盛行開版事業，其中禪僧語錄及詩文集，儒道諸子百家雜書，史書，及其它雜書，皆從元代輸入。諸如毛詩、尚書、周易、禮記、左傳、周禮、儀禮、公羊、榖梁、論語、孝經、老子、列
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子、莊子、史記、前漢書、後漢書、楊子、荀子、墨子、淮南子、文中子、東臯子、吳子、孫子、呂氏春秋、戰國策、山海經、爾雅、神仙傳、孝子傳、先賢傳、烈女傳、太平御覽、太平廣記、群書治要、玉篇、廣韻等諸書，由此可知當時日本讀書界傾向於中國文化。同時，也可窺見那時輸入典籍之一斑也。
其他方面，則為禪宗興隆時，所需要之禪寺什物，皆為主要輸入品。天龍寺紀年考略云：「天龍寺船之派遣，附為寺方購求什器。」這話雖難以相信，但新建立五山十剎等禪宗大寺，所用元之叢林什器等，多為輸入品。當時禪林於上流社會（註十），極為流行之唐樣茶會，茶亭之裝飾，乃佈置思恭，牧溪、吳道子、月壼等中國名畫家作品，如釋迦、觀音、文殊、普賢等佛畫。又各處客位，米元輝、陸青、李堯夫、文與可、東坡、檀芝湍、伸華光、楊補之、韓幹、李伯時、載嵩、舒悅、所龍翁、張僧繇、胡直夫、陸信忠等，宋元名家所繪之人物、山水、動物、花鳥等錦畫。而主位、客位席，均敷以豹皮胡床，及懸金紗、置竹倚、茶器等，皆為中國名器。茶多用中國清峯、雅州、茂州、浮梁、田畝、鄉園等名茶。這些皆為宋元名畫、什器、茶器、銘茶等，固多為入元僧輸入，且多由入元商船載歸，於此可知當時不僅精神文化仰賴中國，即物質文化，亦仰賴中國供給。
當時日本商品輸入於元代者，則為黃金、刀劍、扇、蒔繪螺鈿、銅、硫黃等。元史日本傳云：「至元十四年（一二七七）日本遣商人持金來易銅錢。」至元二十七年，一三六七年，高麗使節受元朝之意，請嚴禁倭寇至日時，日本回贈白太刀三把，扇子三百把。至明代，日本刀劍輸出額的數量，何止十萬
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把，於此不獨可知當時中日兩國商品貿易之種類凡多，而佛教的經典，居然亦多成為商人貿易品。佛教文化影響於日本國民生活方面，於茲可見矣。