聖德太子攝政後，為確定國民對佛教信仰，特於十七條憲章規定「篤敬三寶」，不僅奠定日本佛教弘化之基礎，並確定日本國民對於佛教普徧的信仰。孝德天皇尊重佛法，大化元年（六四五）下詔興隆佛法，設置十師，教導眾僧修持佛法。同四年（六五三）遣學問僧道嚴、道昭以下學問僧附遣唐使入唐。曾倡排佛的中臣氏，歸依佛教後，於鎌定山階陶原家建精舍，始興維摩會。於宮中舉行講無量壽經會或御齋會，仁王般若會等法會，佛教逐漸獲得朝野普徧信仰與尊敬。
至天武天皇時，詔告諸國建佛寺，安置佛像、經典，禮拜供養，這是培植民間對於佛法的信仰。自此佛法與政治、民間發生密切的關係。
天武天皇時代盛行金光明信仰，宮中及諸寺講說，或頒布諸國誦此經。金光明經在印度極為盛行，係一種富國安民的寶典，在中國自西元四一二年（北凉玄始元年），曇無讖譯「金光明經」四卷起，各種譯本續出，至西元五九七年（隋開皇十七年，日本推古五年），由沙門彥琮沙門閏貴等集諸譯大成完成「新金部金光明經」八卷，經由朝鮮傳入日本。天武天皇於白鳳五年（唐高宗儀鳳二年，西元六七八年），派遣僧侶往全國講誦金光明經，使每家安置佛像而禮拜之（註一）。西元六四九年（持統天皇八年
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）持統天皇向諸國頒佈金光明經一百部，令於每年正月上玄皆講此經（註二）。西元七○三年（唐中宗二十年，文武天皇大寶二年），又命畿內各寺院講金光明經，每國置國師。金光明經與仁王經（仁王般若經）同為護國經典，持統天皇令諸國宣講此經，宮中恒例講經，並書寫其他一切經（天武天皇二年），或安居講（持統天皇四年），由此起佛教與政治結成一體，至聖武天皇時，大規模創建國分寺。聖武天皇天平九年（唐玄宗開元廿五年，西元七三七年）三月，命每國造丈六之金銅釋迦佛像；同十二年六月又命每國建立七層塔並抄法華經十部（註三）。金光明最勝王經在中國已在道慈入唐以前二年，即西元七○○年，由義淨奉武則天勅在東都譯畢，故道慈回國時携回此經，因此，日本乃於西元七二五年（日本聖武天皇神龍二年）頒布用以代替金光明經（註四）。七三七年道慈在皇宮大極殿講讀金光明最勝王經。
唐朝初期為三論、法相盛行時期，繼此而興者為律、華嚴二宗。律宗乃曹魏嘉平二年（二五○年），由印度僧曇柯迦羅，始傳僧祇律之戒本於洛陽，迨至唐高宗時道宣律師出而著戒疏、業疏、行事疏、捨毘尼義鈔、比丘尼鈔等五大部經書。戒律始完成一宗。華嚴經單品傳入中國始於後漢，至東晉佛陀跋馱羅譯出六十華嚴，降及隋末杜順禪師著法界觀門，以二千餘字總括華嚴要旨，大暢奧趣，是為華嚴初祖。門下智儼著搜玄記十卷，以釋華嚴，並作十玄門五十要問答，孔目章等以申其義，是為第二傳。第三傳為中唐時之賢首法藏，號稱龍象，備受武則天及中宗寵遇。著有五教章探玄記，金獅子章以明教相，闡一乘妙義，華嚴法門由此大行中國。各宗相繼傳入日本，所謂南都六宗。即三論、法相、成實，俱舍、律、華嚴；奈良朝初期盛行三論，繼之，則為法相宗，其影響日本最大者，則為律宗、華嚴宗。
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三論宗，乃依龍樹之「中論」、「十二門論」及提婆之「百論」而立宗，故名三論宗，亦名法性宗，或空宗。龍樹為大乘教復興者，而受各宗所尊崇，其思想涉及多方面，以般若為中心之空思想，著有「中論」四卷、「十二門論」一卷、「大智度論」百卷；其弟子提婆承其衣缽著有「百論」二卷，以敷衍空之思想，並由提婆之弟子羅喉羅，砂車王子傳給羅什。羅什於東晉安帝隆安五年（三九八年）來華，譯出大品般若經、小品般若經、金剛般若經、中論、百論、十二門論等闡揚般若空思想之教義。其門下四聖之道生、僧肇、僧叡、道融承其師說。後由道生經由曇濟、道朗、僧詮、法朗，至梁大清三年（五四七），金陵人嘉祥大師吉藏出而闡揚「顯道無別，空寂無相」之義理，宣揚中論、百論、十二門論之三論空無相之妙義，統一空的思想──本無、心無，即色空等諸法，並著有三論玄義、中論疏、百論疏、十二門論疏等宣揚中道義。逐被尊為三論宗之開山祖。門下號稱千人，但其著名者，則有僧智顗、智命、慧朗、慧灌等人。三論宗之傳入日本，則由高句麗僧慧灌（六八一）傳入。慧灌初入唐，依嘉祥吉藏學三論宗，推右天皇三十三年末期，宣講三論，勅住元興寺，故慧灌為日本三論宗第一傳。其弟子福亮（吳人）赴日歸化，就慧灌學三論，後入唐歸國住元興寺。齊明天皇四年（六五八），中臣鎌足請其至山階陶原家講維摩經，這是興福寺維摩會起源。福亮之弟子智藏於天智天皇之世（六二五）入唐，在吳越之間就高學尼學三論，抄寫三藏要義，歸國弘傳三論宗，為日本三論第二傳。智藏之弟子有道
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慈、智光、禮光。道慈（六七○）於大寶元年（七○一）入唐，養老二年（七一八）歸國；滯居唐朝十有七年，在長安所學三論、法相、律、華嚴、密教，曾謁見善無畏。歸國後住大安寺，始於大安寺講慈恩大師「大乘法苑義林章」及三論教義。元興寺之神叡稱其為佛門之秀。道慈為日本三論第三傳。智光和禮光住元興寺弘揚三論，同時信仰淨土。智光著述有「淨名立論略述」十卷、「般若心經述義」一卷，故日本三論有道慈大安寺流；智光、禮光為元興寺流。大安寺流日後有善議、勤操、安澄、玄叡等學者輩出。玄叡著有三論玄義鈔四卷，三論教學為南都六宗之一，且傳入最早，降及平安時代，由於天臺、真言二宗興起，至鎌倉時代禪、淨等新宗派又繼起，於是三論宗在日本瀕臨滅亡之途。
三論之教義，以羅什所譯龍樹之中論、十二門論、提婆之百論為所依論。中國以羅什為始，嘉祥大師集其大成。
三論宗教綱，分破邪顯正、及真俗二諦、八不中道之三科，由此顯空無所得之正宗，以有所得為妄見，無所得為正觀，故以「破邪顯正」二門，以顯一宗的教旨，以「八不」的法門，以顯「十道」妙義。以「真俗二諦」以顯諸法的體用。
「破邪顯正」，是本宗的宗旨，三論中所破對象各有不同，中論是正破小乘，旁破外道，而顯大乘的空義。百論是正破外道，旁破一切，而顯大乘的空義。十二門論是並破小乘、外道，而正顯大乘的甚深空義。一宗的法義，都由破邪而顯。
「八不中道」，是此宗的根本法門。「破邪顯正」為此宗的教旨，但諸邪妄，無量無邊，概括言之
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，不出乎八；所謂生、滅、斷、常、一、異、來、去。此宗為欲破諸迷妄，故立八不法門。如中論卷首云：「不生、亦不滅，不常、亦不斷，不一、亦不異，不來亦不去；能說是因緣，善滅諸戲論，我稽首禮佛，諸說中第一」。所破雖八，廣則無量，迷妄既除，真體自顯。所以八不之義，實為此宗的根本法門。
本宗以真俗二諦，以顯諸法之體用。中道實相的理體，非有非無，非亦有非亦無，非非有非非無，言語道斷，心行處滅，此即名為真諦。若更於諸法的用上，建立種種的名相，隨順眾生，此即名為俗諦，即為本宗能詮的言教。如中論說：「諸佛依二諦，為眾生說法，一以世俗諦，二第一義諦，若人不能知，分別於二諦，則於深佛法，不知真實義」。第一義又名真諦，世俗諦又名俗諦。說法體本空，即名真諦，說萬法為假有，即名俗諦。因俗諦故，不動真際以建諸法，因真諦故，不壞假名而說實相。所謂「空宛然而有，有宛然而空」，又謂「色即是空，空即是色」，即為本宗所說的二諦之意。
法相宗又名相宗，本宗窮究萬法之性相，故以法相名。蓋取解深密經一切法相品之名也。本宗旨因唯識論，明萬法唯識之理，故又名唯識宗。此名取解深密經分別瑜伽之意，印度名瑜伽宗。在北魏時代即有瑜伽經、唯識論，梁時有攝大乘論、顯識論、轉識論等之傳譯，但尚未成立一宗。至唐貞觀初年，玄奘三藏赴印度求取佛法，受教於那爛陀寺之戒賢論師，凡十有七年，兼學瑜伽、唯識、因明之學；並
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携回諸多大乘經論，深得太宗崇敬，住玉華宮從事翻譯，揉合印度十大論師釋世親之唯識三十頌疏而成成唯識論十卷，始立法相宗、唯識宗之名；又因玄奘住大慈恩寺，亦名慈恩宗。玄奘門下，號稱三千，達者七十，就中以窺基為著名，著有「成唯識論述記」二十卷、「樞要」四卷，以確立法相宗學說之基礎。其門下慧沼著「義燈」七卷、智周著有「演秘」七卷，以為研究唯識學之指針。是三論後的新宗，中唐之世，為本宗黃金時代。
初、中期日本遣唐留學僧所學者多為三論宗、法相宗。傳三論宗於日本者，已如前述。法相宗傳於日本，始於孝德天皇白雉四年（唐高宗永徽四年，西元六五三年），元興寺道昭入唐求法，他在唐滯留十有三年，師事玄奘三藏學習唯識學，於天智天皇四年回國住元興寺（註五），故道昭為第一傳。道昭歸國後，住元興寺講唯識學，又徧歷諸國，其遺言火葬，是開日本火葬之始。其門下有智通智達二人，都於齊明天皇四年（唐高宗顯應三年，西元六五八年），入唐師事玄奘弟子窺基學習唯識。智通歸朝是為第二傳，其門下有法隆寺道賀及藥師寺行基等。第一傳與第二傳後稱元臨寺傳，又曰南傳，或稱飛鳥傳，此三人以從玄奘及窺基受學為主。第三傳為文武天皇大寶三年（唐中宗嗣聖廿年，西元七○三年），入唐之智鳳、智鸞、智雄等三師，他們在唐就基師及惠沼學習法相之學。至養老元年（唐玄宗開元五年，西元七一七年），玄昭入唐，就學於智周，於聖武天皇天平六年（唐玄宗開元廿二年，西元七三四年），回日本住興福寺，是為第四傳。其門下有慈訓、善珠等名僧。第三傳與第四傳又曰興福寺傳，或曰北寺傳，或稱御笠傳。於此，又謂慈恩大師之法相教義為新傳，從前之南寺傳，謂之舊傳。亦有稱北寺傳
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為新傳。在中國本土，玄奘以後七十年間，法相宗尚稱興隆，智周以後，頓失勢矣。在日本適得其反，經過奈良時代，學者盛行研究，多數學者均有著述。迨至鎌倉新宗之興起，法相宗逐漸走上衰途。
南寺傳之系統，則有行基、勝虞、護命者；北寺傳之系統，則有義淵、玄昉、善珠等。行基（六六八─七四九），受教於義淵，巡遊諸國化導，架橋梁、掘池塘、修道路、修築港灣、造布施屋（宿泊施設）、建寺院、興辦社會事業，名聲大振。聖武天皇命建東大寺，天皇、皇后從其受菩薩戒，天平七年（七五四）始任大僧正，時人尊其德，呼為菩薩。
玄昉（六六一頃─七四六）由其才學卓越，得唐玄宗尊重，賜予紫衣；天平七年，與吉備真備歸國，携回經論五千餘卷，得聖武天皇信任，亦賜紫衣。入內道場任僧正，至藤原應嗣之叛亂（天平十二年），遷入筑紫之觀世音別堂，歿於大宰府。
在教史上值得注意的，則為護命與善珠二人。元興寺護命（七五○─八三四）從勝虞學唯識，於吉野山庵居。後出京屢於宮中講經，天長四年任僧正；晚年住元興寺之小塔院，著書則有法苑義林章解節記、唯識樞要解節記、大乘法相研究神章等。北寺傳之善珠，亦為法相宗傑出的學者，因反對傳教大師最澄之大乘戒法壇設立，與其論難者，是為護命。善珠（七二三─七九七）精研法相、因明，被任僧正，為秋篠寺的開基。著述則有因明論疏明燈抄、法苑義鏡、成唯識論疏肝心記、成唯識論述記釋，傳說為慈恩大師再來。
法相宗，以護法之成唯識論（六五九年譯出）為本，這部唯識論，是依護法解釋世親菩薩唯識三十
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頌獨特學說所組成的。世親是四世紀時出生於印度健馱羅大論師；其寂滅後三系統中，護法是其中之一，把世親萬法唯識古說，修正為萬法不離識之新說，組成唯識學說，兩部成唯識論，是其弟子戒賢傳與玄奘，慈恩大師依此組成一宗。
成實宗，是以佛滅後九百年頃，印度阿梨跋摩尊者所著成實論而得名。以研究諸法之實在論為本，他與世親同時，為中天竺人，薩婆多部沙門鳩麼羅陀的弟子，氏初學有部，後入大眾部，其思想多採空觀，頗嫌其師的見解淺劣，嘗慨然歎道：「吾聞佛旨虛寂，迥絕名相，今當造論明述，厥號成實」。由是造成實論十六卷，發揮其空無的思想，而反抗有部的宗義。姚秦安帝五年（四○一年），羅什三藏携來中土，於姚秦弘始十四年始譯成中文，佛門僧侶多所研究。劉宋時代有道猛著「成實論議疏」、道亮著「成實論義疏」八卷，太宗好之，乃集諸公卿百官令大德宣講。降及後魏有曇度著「大義疏」，齊時有肅子良、僧鐘、慧次等繼承衣鉢。至梁而出現成實宗之興隆時代，如法雲、智藏、僧旻等所謂梁代三大法師，都為成實宗名僧。隋唐之間，研究成實宗雖不乏其人，但降及中唐以後，迄乎趙宋殆歸絕跡。至於傳入日本，當在天武天皇朝百濟僧道藏講成實論，並作注疏十六卷，是為最初傳去。至推古天皇時，三韓僧慧慈、觀勒之渡日時，聖德太子曾從其學習。唯當時成實宗因其教義有類似三論宗之處，故附屬三論宗，而無獨立一宗之名位。其中心寺則為法隆寺、元興寺、東大寺、及西大寺等。降及平安朝終
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淪為附屬於三論之偶宗地位。
其教義先立真俗二諦，俗諦為有，真諦為空。俗諦於諸法分為五位八十四法。真諦否定諸法實有，說一切皆空。五位八十四法的分數，這是依小乘說一切有部教說。其中物質的色法，心理的心法，心所有法，以及不屬於物心部分，即非色非心法，即無為法。這些在俗諦上為實有，又是假有，但在真諦上則屬於空的，為什麼說是空？所謂色法者，若分析至微塵，即屬於原子，若再分析，則歸於空無。由這樣分析論的空，名析空觀，是小乘空觀的方法。要於諸法當體觀察不異於空，是大乘的體空觀，一切空無，都是真諦。
俱舍宗佛滅度後，小乘分為十八部，異論紛紛，至佛滅後四百年之初，五百阿羅漢，應健馱羅國迦膩色迦王之請，結集大毘婆沙論二百卷，由是十八部中薩婆多部之宗義成立，閱五百年，世親菩薩出世，依大毘婆沙論作俱舍論，後世稱嗣學者為俱舍宗。陳時真諦三藏譯出俱舍論三十卷，並著有疏五十卷，是為我國研究俱舍教義之始。降及唐世玄奘三藏入印度，自僧伽耶舍聽聞俱舍論教義，回國後於高宗永徽二年（六五一年，孝德天皇白雉二年），在慈恩寺等傳譯俱舍論，門下普光、法寶、神泰共著疏註，圓輝著有頌疏，中唐時研究俱舍論者頗多，唐末五代時因諸宗競起，故俱舍宗遂走上衰微之途。俱舍傳入日本，則與法相相伴，第一傳為孝德天皇白雉四年入唐求法之道昭；第二傳為齊明天皇四年入唐求法之智通及智達；第三傳為元明天皇養老元年入唐求法之玄昉，第四傳為淳和天皇天長年間（八二四─八三二）赴日之新羅僧知卒。其傳入日本後，在奈良時代尚能獨成為一學派，極受學者重視。然因其
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屬於小乘教義，其教義組織系統，頗類似法相宗，故有「三年俱舍，八年唯識（法相）」之傳說，視為法相宗之初門。迨至桓武天皇時，逐淪為法相之附宗。該宗著名之經義有東大寺宗思之明思抄，及珍海之明眼抄。
其教義立說三世實有，法體有恆，諸法實體，無論在時間或空間都屬實有。要以法相宗所說，這個法體分為色法、心法、心所有法、不相應法、無為法五位，若更細分別，則有七十五法，要依此五位七十五法，輪廻世界始可成立。色法，眼、耳、鼻、舌、身為五根，及其對境則有色、聲、香、味、觸五境，及無表色。心法，則為六識全體，心所有法，心理的作用，不相應法，得與非得的關係，其狀態稱為實體。無為法，空無，也立於一種實體。實踐門觀察苦、集、滅、道四諦的因果道理，心所有法中的道德的不善，為欲制止煩惱乃至滅除根本煩惱，則不可不求證得無餘湼槃。
律宗，於曹魏嘉平二年（二五○年），由印度僧曇柯迦羅譯出僧祇律，至唐道宣律師著戒疏、業疏、行事疏、捨毘尼義鈔、比丘尼鈔等五大部經書，始成為一宗。但傳於日本年代，早在天武天皇時（六七三─六八六），日僧道光入唐，師事道宣傳入行事鈔；歸國後，依四分律抄撰錄交一卷，是為律學最初之作。聖武天皇天平年中請道融於金鐘寺依梵網經舉行說戒布薩，智璟講四分律行事鈔；天平八年（唐玄宗開元廿四年，西元七三六年），天竺菩提佛那，林邑佛哲與唐僧道璿赴日，齎來華嚴宗章疏及律
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宗章疏，住大安寺講四分律行事鈔，作梵網經疏，傳大乘戒。晚年，退居於吉野比蘇山寺，注菩薩戒經，專講戒律；弟子多明戒律，然未受戒，對受戒儀式，因多不知其作法。日本自佛教傳入以還，因受國家之優遇，僧侶之激增及文化之獨專，逐演成干預政治，而破戒犯戒僧徒輩出，以致無法收拾。至此始知僧徒統制之道，唯在戒律之嚴守。在這種情形之下，於天平五年（開元廿一年，七三三年），入唐求法之榮叡，乃懇請鑑真赴日弘傳戒法，律宗正式傳入日本，乃始於天平勝寶六年（七五四），鑑真東來，在東大寺設壇傳戒，於是律宗始正式傳入日本，鑑真即為日本律宗之第一祖。
鑑真依南山宗道岸、弘景學律，住揚州大明寺，專講戒律。七四三年日本入唐僧榮叡、普照兩僧，懇請東渡弘傳律法；經海賊及暴風等五次挫折，歷十一年，以致失敗，終於第六次隨遣唐使東渡。迎鑑真於東大寺，設立戒壇，自聖武太上天皇、光明太后、孝謙天皇、皇太子以及文武百官四百餘人從其受戒。至此，日本始有完整受戒法式。並於大佛殿西建戒壇院，天平寶字五年（七六一），於下野藥師寺和筑前觀世音寺建戒壇。自此日本全國有三戒壇，凡僧尼必須受戒，依律儀而住。
隨同鑑真東渡弟子，則有法進、如寶、法載、思托等二十五人。法進（七○九─七七八）東渡，其因熟達國語，講南山三大部。並著梵網經注等。法進又講天台宗三大部（法華玄義、法華文句、摩訶止訶止觀）四回，日本天台教學始興，最澄開日本天台宗，法進被列入天台宗傳法系統。思託為稱德天皇塟儀導師，延曆僧錄是僧傳之始。並與真人元開（淡海三船）共撰唐大和上東征傳，講法礪宗疏，空海授三聚淨戒。
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律宗，是依經、律、論三藏中律藏而成。這異於他宗依經藏或論藏，律分止惡門和作善門。止惡門則不殺生及禁止其他條項；作善門，則為受戒、布薩、安居等行事儀式。小乘律對止惡、作善二門最為完備，大乘律雖有止惡門，其與小乘律大同小異，大乘思想對禁止條項並非全取保守態度。
小乘律，漢譯有四十五部，在律宗裏的四分律。要以四分律來說，從隋唐就分南山宗與法礪的相部宗及懷素（六二五─六九八）的東塔宗。鑑真是南山宗的系統，相部宗，東塔宗未傳入日本。律宗以四分律為基本，顯屬小乘，一分通於大乘。要以大乘解釋四分律的止惡門條項，則發展為大乘戒的三聚淨戒。戒律各項既有相互融攝的關係，因此，在每條中都包攝三聚淨戒，這是採用大乘圓融相即的思想。又大乘為一實相圓頓的妙宗，在律宗方面僅區別大小乘戒，戒律依大乘教的解釋。
華嚴宗係發源佛陀成道初七日之所說華嚴經，嗣後因外道、小乘競起致不顯，直至佛滅七百年，龍樹出，於龍宮（註六）得華嚴經而再現。龍樹著有大智度論及大不思議論以註釋華嚴經，後來無著及世親共同研究華嚴經義，世親著有「十地經論」以解釋華嚴經；又經金剛軍、堅慧等之闡揚，始得在犍陀羅地方盛行。但在中國後漢時就有華嚴之分本兜沙經、本業經之傳譯。後來雖有各種分本之傳譯，迨至東晉佛陀跋陀羅三藏之譯出六十華嚴大本，於是華嚴經始受重視。此後有法業、慧觀、玄暢、靈辨等之盛行研鑽，六朝之光統又譯「十地經論」，隋淨影寺之慧遠亟力學華嚴經義，著有「十地論記」七卷以
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鼓吹華嚴思想，但尚未至於開創宗派之程度。遲至隋末杜順禪師著「法界觀門」，始開創華嚴宗，而為華嚴初祖。其門下有智儼著「搜玄記」十卷，是為華嚴二祖；智儼弟子賢首法藏為華嚴三祖，其在中唐時深受武則天及中宗之寵敬，因而華嚴宗極為盛行。賢首著有「五教章探玄記」及「金獅子章」等，其門下有靜法寺僧慧苑著有「華嚴經刊定記」十四卷，其後澄觀著「華嚴經疏」、「華嚴經演義抄」，接承賢首之教學與唐朝各宗的抗衡而維持華嚴宗之門庭。華嚴宗傳至唐朝末葉，雖尚有宗密，至宋代子叡、淨源等以維持其命脈，降至元以後近於衰絕。
華嚴宗何時傳入日本，據傳在西元七一九年（唐玄宗七年，元正天皇養老三年），便已傳入日本；而西元七三六年（唐玄宗開元廿四年，聖武天皇天平八年），東渡之道璿携「華嚴章疏」至日，是故道璿應為日本華嚴宗之第一傳。道璿雖以講戒律為主，但在唐曾師事普寂（六五一─七三九），是北宗禪的系統，並精通華嚴。聖武天皇天平十二年，金鐘寺之良弁（六八九─七七三）止住大安寺，最初請新羅僧審祥於金鐘寺講六十華嚴經。審祥曾入唐從賢首大師學華嚴教義，良弁就義淵學法相教學，又研究華嚴。審祥華嚴講席，一年講至二十卷，三年講畢。審祥寂後，元興寺嚴智代座講師，嚴智後智璟為講師。東大寺以外，元興寺、藥師寺均講華嚴，西大寺亦兼講華嚴，於是華嚴教學居南都重要地位。鏡忍、壽靈、慈雲（七五九─八○七）等學者出世，壽靈著有華嚴五教章指事記，當時咸認華嚴為教學重要的文獻。良弁於大佛建立，盡力很大，其弟子實忠創二月堂之修二會。即修湼槃會。華嚴宗自此在日本大興，道璿由於精研華嚴經義，故終為金鐘寺華嚴會勅為講師，幫助聖武天皇建立東大寺以傳華嚴之學，
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並與婆羅門僧正、行基、良辦共修華嚴，在當時流行三乘諸教環境中宣揚一乘妙理華嚴、梵網之理想，終使日本政制之中央集權理想得以實現，並奠基了皇室為國家中心之觀念，完成政教一致之大政理想（註七）。
奈良時代的華嚴教學，初以舊譯六十華嚴經為本，以賢首大師華嚴探玄記為指南，後以新譯八十華嚴經，賢首大師弟子目為異端的慧苑華嚴刊定記，曾受教於智儼的新羅元曉（六一七─六八六）也有不少著作。
以上所舉南都六宗，又稱奈良六宗。奈良時代佛教，經元正、聖武兩天皇盡力提倡，佛教大興，寺院林立，奈良東大寺、興隆寺、元興寺、大安寺、藥師寺、西大寺及法隆寺等，所謂南都七大寺。法相、三論、華嚴、律、成實、俱舍等所謂南都六宗並行。其中以律、華嚴二宗影響最大。當時日本所鑄造之東大寺盧舍那佛，可謂為唐制度中而影響日本最顯著者，則為華嚴經。蓋唐朝歷代帝王均有造大佛之舉，第一次為高宗咸享三年至上元二年（六七二─六七五年，天武天皇白鳳元年─四年），為止四年之間，則天武后以脂粉錢二萬貫助成開鑿龍門黑大理石巖壁，以造佛龕，於其中刻成高三十五尺、臺座十尺之大石像；第二次係則天武后於久禎元年（七○○年，文武天皇四年），欲在洛陽北部白司馬坂建造銅佛，令天下僧尼每日出一錢以助其成，終因狄仁傑、張廷珪、李嶠等三人之上疏諫阻，不得已而停止。武后歿後，中宗繼其業，於神龍初（七○五─七○六，文武天皇慶雲二─三年）始完成。（註八）那時正值唐朝華嚴宗大盛時期，此大佛像之建造，似當為華嚴教主之盧舍那佛（註九）。當時華嚴已傳入日本，
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而華嚴經中盧舍那佛之功德無量，聖武天皇遂欲造盧舍那佛像，以祈國家之安泰及萬民之幸福，但聖武天皇恐招致神明之崇，甚為躊躇，適有僧行基「神佛同體說」，謂梵語之「盧舍那」，乃光明遍照之義，盧舍那佛可譯為大日如來佛，蓋與天照大神為同體也（註十）。因此，聖武天皇乃詔旨建造東大寺盧舍那大佛，自天平十九年（唐玄宗天寶六年，七四七年）開始，歷三年而成。由於大佛鑄成，遂演成日後神、佛、天皇一體說的觀念。
奈良時代，三論等傳入，僧侶間不斷的研究，不僅引起民間普徧的信仰，而政治上亦受其影響。就中聖武天皇的國分寺建立，是最顯著的例證。國分寺正式的名稱，是金光明四天王護國之寺，這是依據金光明最勝王經於全國所建立之寺院。建立的理由，天平十三年（七四一）三月二十四日詔書云：「案經云：若有王者於國土內講宣讀誦，恭敬供養此經，我等四王常來擁護，一切災障皆消殄，憂愁疾疫亦皆除差，所願逐心，恆生歡喜」。於是據金光明最勝王經期待四天王加護，災害疾疫的消除，所願皆成就，不外現世利益的信仰。
金光明最勝王經的弘揚，並不始於此時，在天武天皇頃，就已盛行。天武天皇五年（六七六）十一月，遣使者於四方國宣講金光明經和仁王經；持統天皇八年（六九四），金光明經一百部，分送諸國，並規定每年正月上玄日讀誦此經。聖武天皇時代，神龍五年（七二八）十二月，金光明經六十四帙六百四十
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卷，每國十卷，經到之日轉讀祈願國家平安。金光明經從天平九年八月頃，可謂為金光明最勝王經時代，已如前述。自此以後，尃誦金光明最勝王，金光明王為北凉曇無懺（三八五—四三三）所譯。金光明最勝王經是唐義凈（六三五─七一三）所譯。
金光明經、仁王經、大般若經、法華經，皆為護國的經典，應常讀誦、書寫。這些經典，鎮護國家的功德，難以說盡。
天武天皇以來，篤信金光明經等為護國的經典，至聖武天皇時，逐創建國分寺。天平十年三月二十四日詔書實施。諸國每建佛寺，置佛像及經卷，禮拜供養；或說天平九年（七三七）三月，每國造釋迦佛像一軀，並書寫大般若經一部六百卷。國分寺建立的目的，既如前述：讀誦金光明最勝王經，恭敬供養，期待四天王擁護。並詔書說：「宜於天下諸國，各各敬建七重塔一區，並書寫金光明最勝王經，妙法蓮華經各十部，朕擬書寫金字金光明最勝王
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經，每塔各置一部，冀聖法永流天地間。各國僧寺，每僧寺封五十戶，施水田一十町，尼寺水田十町，僧寺置廿僧，其寺名金光明四天王護國之寺。尼寺置十尼，其名法華滅罪之寺。兩寺僧尼宜受教戒，若闕即須補滿。僧尼，每月八日輾讀最勝王經，每至月半講戒羯磨，每月六齋，公私不得殺生漁獵，國司等宜恒加檢校云」。
由於鎮護國家，興建國分寺，必須多額建築費用。天平十六年七月間，劃撥稅稻四萬束、二萬束，僧尼兩寺，每年由其利息充當建寺的費用，天平十九年十一月，派遣使者至諸國觀察建寺工程進度。令三年內必須完成建塔寺工程，若郡司完竣勅令，其子孫永久任郡司，又僧寺加水田九十町，尼寺加四十町，合前僧寺則水田百町，尼寺五十町。這個寺田，至天平勝寶元年（七四九）飛躍增加，僧寺一千町，尼寺所有墾田限四百町，在此前後，還有個人施入國分寺，授以位階，其數很多。
大和國的國分僧寺之東大寺，天平十九年始興工金堂大佛殿。經四年歲月，天平勝寶三月竣工。本尊盧舍那佛像，天平十六年近江國紫香樂京著王鑄造，當紫香樂京鑄造中止時，十七年大和國添上郡擬重新鑄造，同十九年始鑄造，天平勝寶元年（七四九）十月逐漸完成，經三年歲月及八次改鑄始完成此偉大事業。天平勝寶三年大佛殿竣工；翌四年四月婆羅門僧正菩提仙那任導師舉行開眼供養，孝謙天皇率聖武太上皇及文武百官參加行禮。大和國的國分尼寺、法華寺，是依光明皇后本願所創建，但何時創建，何時完工，都不詳悉，約在天平勝寶元年竣功。
東大寺金堂之本尊盧舍那佛，是依華嚴經及其系統經典所鑄之大佛，其淨土為蓮華藏世界，或稱華
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藏世界，這尊佛五丈三尺的座位，就是華臺上的本佛。其臺坐蓮弁構圖，是根據梵網經所說；該經，盧舍那佛的世界，說：「我今盧舍那，方坐蓮華臺，周匝千華上，復現千釋迦，一華百億國，一國一釋迦，各各坐菩提，一時成佛道」。本來蓮華瓣多則有千葉，略則五十六葉；要描出千體大釋迦佛，稱為大釋迦，一一葉裏，凡三千大千世界，即百億世界，換句話說，即一一世界中即有百億釋迦佛出現，這個說為千百億小釋迦。這個構圖的關係，即由盧舍那佛自身化出千體大釋迦再化出百億小釋迦佛，坐在菩提樹下說法。
國分寺建立的構想，即據蓮花葉上千釋迦象徵為諸國的國分寺釋迦像，其下千百億的小釋迦就是人民。把這些總括起來，就是盧舍那大佛，以此總括一切，又一切成為現象。這就是華藏世界，在日本出現。
日本遣唐僧侶，初期多研究三論，或唯識。至最澄、空海入唐，則改研究天台、真言兩宗。故繼華嚴、律二宗之後，傳入日本者則為天台、真言二宗。
天台宗亦名法華宗，其創始者為隋末智者大師（智顗），以法華經為根本，以大智度論為旨趣，以涅槃經為輔翼，以大品經為觀法，專習止觀；北齊慧文禪師，依中觀論發明一心三觀之旨，以授南岳慧思禪師，慧思德高一世，自證三昧，傳之智顗，智顗居天台山，修法華三昧，請法華玄義、法華文句、摩
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訶止觀三大部，一宗之教觀大備於此，因此天台名宗，故稱曰天台宗。該宗在唐初衰微不振，幸與律禪、密教連結，勉強保持其命脈，迨至章安大師承天台後，廣傳宗風，天台惟散說，章安乃結集以成一宗之典，以作一家綱目。降及中唐以後，荆溪大師（智者大師之第六代法孫─即六祖湛然）出，而作註疏，益闡其說，盡力於宗義之普及，排斥混淆之天台，發揮智者之純粹精神，天台一宗，始漸興隆。
天台宗何時傳入日本？最澄雖為日本天台宗開山祖師，但前述天平八年前往日本之道璿原為律僧，除傳華嚴章疏於日本，亦為傳天台學者，天平勝寶六年（唐玄宗天寶十三年，西元七五四年），赴日本弘揚律宗之鑑真，亦携有摩訶止觀、法華玄義、法華文句各十卷，法華懺法、小止觀各一卷、六妙門一卷以及四教義十二卷，道璿、鑑真二人本身在日雖未講天台教義，但鑑真弟子法進卻開始講天台宗教義。法進曾在唐招提寺講天台經義（註十一）。於是天台宗逐漸在日本出現發展，至最澄出而始奠定日本天台宗的基礎。最澄俗姓三津，其先祖為東漢獻帝之孫，十二歲時投行表法師出家，習唯識，旁博探經論，在未入唐前，於延曆二年（唐德宗建中四年，西元七八三年）入叡山法華廬而居，埋頭於三乘一乘教學的研究。後於延曆廿三年（唐德宗貞元二十年，西元八○四年），隨第十八次遣唐使入唐。入唐先在台州天台山國清寺師事道邃（智者大師七世孫）習天臺之心要。授受一心三觀之旨及圓教菩薩三聖大戒，次又從天台山佛隴寺座主行滿，學天台三大部；繼之，又自越州龍興寺泰岳靈巖寺沙門順曉習密教，受灌頂，並書寫經疏百二部百十五卷，一年之後帶回天台法華宗疏記及多種經典，創立日本天台宗。最澄吸收中國佛教思想是多方面的，包括禪宗、天台宗、真言宗、律宗。茲列表於次：
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| 行表 | 禪宗 | 最澄 |
| 翛然 |
| 道邃 | 本覺法門 | 天台宗 |
| 行滿 | 始覺法門 |
| 順曉 | 金剛界 | 真言宗 |
| 胎藏界 |
| 道邃─菩薩圓頓戒 | 梵網宗 |
自最澄入唐後，學天台宗者，則必登天台山謁善知識，就天台教義質問日常門疑義，並巡拜天台宗之聖跡，故有平安朝以來日本入唐僧即多登拜天台山，因此，日本貴族階級間，對天台山聖跡頗多發生景仰。例如西元八三八年（唐文宗開成三年，仁明天皇承和五年），學問僧圓載入唐時，橘皇后託以袈裟，以供養天台山智者大師之肖像（註十二）。至南宋時，日本僧侶視天台為佛教唯一聖地。
密宗又稱真言宗，或三秘密宗。據佛教言，佛有三身，一釋迦佛，二大日如來佛，三彌陀佛，事實上即為一佛之德所衍出之三體也。真言宗屬大日佛，淨土宗屬彌陀佛，其餘俱舍、成實、律、法相、三論、天台、華嚴、禪等八宗皆屬釋迦佛。真言宗以修持秘密真言為主，故名密宗。此宗在印度為最後出，以大日如來為教主；大日如來於色究竟天之法界心殿，開示胎藏，金剛兩界之秘密，金剛薩埵親受灌頂
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職位，是為第二祖。薩埵承持密法，待人弘傳，及龍樹菩薩開南天鐵塔，親視薩埵，受傳法儀軌，是為第三祖；龍樹傳龍智菩薩，為第四祖；龍智壽七百歲，授之金剛智三藏，為第五祖。金剛智來長安，弘傳密教，為中國密宗之第一祖（唐玄宗開元四年，西元七一六年，雖有善無畏先來中國，但因未開立宗教，無有承者，故不入列祖之數）。不空三藏亦從龍智菩薩傳受密法，為第六祖，亦中國之第二祖；惠果為不空門下之上首，是為七祖，亦中國第三祖；惠果以下，我國無繼之而為祖者。上述唐時善無畏、金剛智、不空、惠果等相繼來中國，別傳金剛、胎藏二界教軌，雖一時稱盛，但為時不久即歸衰失。
首傳真言教於日本者，則為道慈，他於西元七○二年（唐中宗嗣聖十九年，文武天皇大寶二年），入唐留學時，曾就善無畏學虛空藏聞持法，歸國後傳之於善義、慶俊。善義傳之於勤操，再由勤操傳之於空海（註十三），空海遂開日本真言宗之基。空海俗姓佐伯氏，年十二時，外舅朝散大夫阿刀大遣教之以世典文翰。十八上大學，雖讀儒書，志在佛經；延曆十四年（七九五），登東大寺壇受具足戒，改名空海。西元八○四年，空海與最澄同伴入唐，滯居長安，就青龍寺東塔院之真言宗正統第七祖惠果阿闍黎學密教，受胎藏界法、金剛界大曼荼羅法，並從當時留學於唐都長安之印度僧般若三藏學悉曇（即梵語Siddham-）（註十四）。於西元八○六年（唐憲宗元和元年，平城天皇大同元年）歸國，並携回新譯經等一百四十二部二百四十卷，梵字真言讚等四十二部四十四卷。論章疏等三十二部一百七十卷，開創真言宗，使密教在日本漸具組織，而空海繼惠果為真言宗第八祖。
入唐留學僧侶對日本佛教影響最大者，則為最澄、空海。日本人對於中國佛教名勝之天臺、五台
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兩山聖跡崇敬之餘，乃在深山幽谷之地，仿中國天台、五臺聖跡，建立寺院，專事修行，發展所謂山林佛教。空海於西元八一六年（唐憲宗元和十一年，嵯峨天皇弘仁七年），上表奏請於高野山建立寺院（註十五）。最澄則於西元八一八年要求日廷承認其教學大本營叡山為國立最高學府，以培養建國人才（註十六）。最澄等雖於深山建立寺院，並未能削減日本貴族階級對中國天台五臺佛教聖跡的信心。橘皇后於西元八四四年（唐武宗會昌四年，仁明天皇永和十二年），特遣惠萼以親自所繡袈裘施與五臺山僧，並施以寶幡、鏡奩。西元八六二年隨真如親王入唐之宗叡，則受日廷之託，在五臺山華嚴寺，行千僧供養（註十七）。西元八七七年，濟詮入唐時，陽成天皇及族大臣皆競相託以黃金，以供五臺山文殊菩薩供養之資（註十八）。
綜觀以上所述，在中古時代的日本文化、學藝、宗教等受中國唐代文化的薰陶，舉凡日本政治制度、國民教育，無不以唐朝文化為依歸，尤以奈良佛教六宗及天台、真言兩宗為最，這種悠久歷史的關係，是史學家所公認的。
